Collections
Archéologie préhistorique, celte, romaine et orientale
La collection archéologique du musée est constituée d'objets provenant de sites lot-et-garonnais. Elle permet ainsi de découvrir l'Histoire sociale, économique et culturelle de deux grands axes de circulation: la Garonne et le Lot. Le musée présente aussi une importante collection d'antiquités orientales (plus de 1600 pièces) données par Camille Aboussouan...
Goya et la peinture espagnole
Le Musée d'Agen possède une collection importante de peinture espagnole des 18ème et 19ème siècles, il est d’ailleurs un des rare musée français à présenter des œuvres espagnoles de cette époque. Les chefs d'oeuvres de cet ensemble sont les cinq tableaux du peintre Francisco Goya, dont le mondialement connu "Autoportrait", légués par le Comte de Chaudordy en 1901.
Collections des Ducs d'Aiguillon
La collection de peintures et d'objets provenant du Château d'Aiguillon est entrée au Musée en 1903. Il s'agit d'une saisie révolutionnaire. Les oeuvres présentées au Musée datent surtout de l'époque de Louis XV où le Duc d'Aiguillon fut Ministre des Affaires Étrangère.
Les arts décoratifs
Une des raretés du musée est sa présentation d’un ensemble de meubles et d'objets décoratifs. Une salle particulière présente une collection complète de faïences françaises, italiennes et espagnoles.
Parmi les chefs-d'œuvres, on peut découvrir un plat de Bernard Palissy.
La peinture du 19ème siècle
Le 19ème siècle français est représenté par un riche parcours de peintures de paysages jusqu'aux impressionnistes. Des œuvres de grands peintres y sont visibles (Courbet, Corot, Boudin, Sisley, Caillebotte ...) 
